Iako je najavljen kao sistem koji će ubrzati prelaz granice, EES (sistem za registraciju ulaska i izlaska) na granicama Šengena funkcioniše teže nego što je planirano. Problem je decentralizacija i autonomija članica EU u implementaciji, što dovodi do gužvi na kopnenim graničnim prelazima, posebno u Hrvatskoj kroz koju većina građana BiH ulazi u EU.
Prema računicama Evropske komisije, procesuiranje putnika trebalo je da traje ispod minut, ali u praksi je potrebno i više od tri minuta. Ipak, Komisija tvrdi da je sistem doveo do bolje zaštite granica, sa 66 miliona registrovanih ulazaka i 32.000 zabrana ulaska u prvih šest meseci. Najavljena je dodatna digitalizacija i konsolidacija sistema u narednom periodu.