Bosna i Hercegovina, iako vodom bogata zemlja, suočava se sa ozbiljnim zagađenjem rijeka. Ekolozi ističu da su najugroženije rijeke Bosna i Spreča, ali i Miljacka, Željeznica i druge. Glavni uzroci su industrijski pritisci, neplanska urbanizacija i nedostatak adekvatnih postrojenja za preradu otpadnih voda. Emina Veljović iz Aarhus centra naglašava da se ne zna koja je rijeka najzagađenija zbog nepostojanja PRTR protokola.
Anes Podić iz Eko-akcije upozorava na spore reakcije institucija i ignorisanje nalaza nezavisnih stručnjaka. Incidenti poput zagađenja Une i Bosne ostaju bez epiloga. Dodatni problemi su i nelegalna gradnja na riječnim obalama, posebno na Uni, te brane hidroelektrana. Ekolozi pozivaju na ratifikaciju PRTR protokola i efikasniju zaštitu rijeka od zagađivača.