Rijeke i potoci širom Češke bilježe izuzetno nizak protok zbog sve izraženije suše, a prema podacima Češkog hidrometeorološkog instituta gotovo svi praćeni vodotoci trenutno su ispod prosjeka, dok su pojedini manji potoci potpuno presušili. Posebno zabrinjava stanje Labe, jedne od najvažnijih evropskih rijeka, čiji je protok pao na jedan od najnižih nivoa od početka mjerenja, dok je Vltava u pojedinim dijelovima u nešto boljoj situaciji zahvaljujući vodi iz akumulacija.
U gradu Češke Budejovice Vltava je dostigla najniži zabilježeni protok, što dodatno pokazuje razmjere manjka vode koji je zahvatio zemlju. Pad nivoa vode u akumulaciji Orlik otkrio je i ostatke nekadašnje hidroelektrane kod Doubrave, izgrađene 1929. godine, koja je srušena i potopljena šezdesetih godina prošlog vijeka prilikom stvaranja akumulacionog jezera. Istovremeno opadaju nivoi podzemnih voda i vode u bunarima, što izaziva dodatnu zabrinutost zbog raspoloživosti vode ukoliko se sušni period nastavi.