Istraživanje objavljeno u časopisu Digital Medievalist ukazuje da je Vojnički rukopis verovatno pogrešno povezan, odnosno da stranice nisu u ispravnom redosledu. Autori studije, Lisa Fagin Davis i Colin Layfield, tvrde da je rukopis prvobitno bio zamišljen kao niz naslaganih bifolija, a ne kao quire, što bi moglo objasniti njegovu nerazumljivost.
Koristeći Latent Semantic Analysis, istraživači su otkrili neobičnu semantičku sličnost između unutrašnjih stranica, što podržava hipotezu o pogrešnom povezivanju. Ovo otkriće znači da bi sva dosadašnja istraživanja zasnovana na trenutnom redosledu stranica trebalo preispitati, a tim planira da primeni metodologiju na druge delove rukopisa.
