Druga sezona animirane Marvelove serije "X-Men '97" prikazala je veliki unutrašnji sukob među mutantima, koji podseća na film "Captain America: Civil War". Nekadašnji saveznici su se našli na suprotnim stranama zbog različitih stavova o tome kako zaustaviti Apokalipsa, dok su X-Force i X-Factor bili spremni da uklone pretnju bez obzira na posledice.
Tokom borbe protiv Apokalipsa, došlo je do direktnih okršaja, uključujući sukob Kiklopa i Džin Grej sa njihovim sinom Kejblom. Iako je završnica donela poraz Apokalipsa, scena nakon odjavne špice otkriva povratak Mistike, koja se prerušila u Valeri Kuper i pucala u nju, nagoveštavajući novi talas sukoba i dodatno narušavanje poverenja među mutantima u trećoj sezoni.
