Paradajz, iako zdrav i bogat likopenom, može biti štetan za osobe sa alergijama, netolerancijama ili hroničnim bolestima. Kiseline u paradajzu mogu pogoršati gastritis, čir na želucu i refluks kiseline, dok oksalati doprinose stvaranju bubrežnih kamenaca kod sklonih osoba. Takođe, zeleni delovi i nedozreo plod sadrže toksične alkaloide.
Osobe koje uzimaju MAO inhibitore treba da budu oprezne zbog mogućih interakcija. Svež paradajz može biti kontaminiran bakterijama poput salmonele i E. coli, što povećava rizik od infekcija. Preporučuje se umeren unos i konsultacija sa lekarom za osobe sa rizikom.